層流手術室空調系統一般設置初效，中效，高效三種形式的過濾器。層流凈化工程初效過濾器安裝在新風機進風口和手術室回風口，層流凈化工程中效過濾器安裝在潔凈恒溫恒濕空調器進風口，這兩種風口由設備配套，無須另行安裝。層流凈化工程亞高效過濾器結合在送風口中，使用在ICU病房和一些較高等級的病房中，潔凈手術室高效過濾器則與層流罩結合，層流罩長度約為2米，有條件的可以將該段風管制作成楔形，改善氣流組織。如果預先不能確定層流罩的位置，不宜馬上制作該段風管.因開口切割后的鐵屑容易殘留在干凈的風管內，造成二次污染，最好的方法是等位置確定后再預留風口，層流罩采用鉚釘與風管連接，由于高效過濾器阻力大，其附近區域靜壓也較大，是最容易漏風的地方，建議鉚釘的間距應在 70-80mm 之間。 有別于一般上送上回的普通空調，手術室氣流組織多采用層流形，在一般情況下有兩個相對的立面設有下回風口，回風口預置中效過濾器，設置在手術室下方的側板上，在選用回風百葉時要采用上邊有一定斜角帶豎向百葉的風口，能有效防止回風口積塵。 手術室排風量需小于新風且室內形成的最小靜手術室排風量需小于新風且室內形成的最小靜壓差需滿足設計規范要求，一般在5~8Pa之間. 排風口需設置中效過濾器，以免在進行污染手術時細菌隨排風擴散至外界。
