層流手術室是最廣泛使用的醫療凈化場所。層流手術室能否高效正常運行，取決于層流手術室凈化工程的質量。在建設層流手術室的過程中，應注意墻體材料的選擇、合理方便的空間布局、人流的順暢、電源、水、照明等設施的安裝等。具體來說，層流手術室的凈化應做好以下9個方面的工作。
1、墻壁和天花板應由隔音、堅固、光滑、無空隙、防火、防潮和易于清潔的材料制成。顏色應該是淺藍色和淺綠色。墻的拐角是圓的，以防灰塵堆積。觀片燈、藥柜、操作臺等。應安裝在墻上。
2、車門應寬大，無門檻，便于平車進出，應避免使用易擺動的彈簧門，以防氣流使灰塵和細菌飛揚。窗戶應該是雙層的，最好是鋁合金窗框，這樣有利于防塵和保溫。窗玻璃應該是棕色的。
3、層流手術室凈化工程中，走廊寬度不小于2.5m，便于平板車操作，避免人員碰撞。
4、層流手術室凈化工程中，地面應采用堅硬、光滑、易擦洗的材料。地面略微向一角傾斜，下部設置地漏，方便污水排放。排水孔被蓋住，以避免污染室內空氣進入或被異物堵塞。
5、供電:提供兩相供電設施，確保安全運行。每個手術室都應有足夠的電氣插座，以方便各種儀器設備的供電。插座應在地面上配備防火裝置和導電設備，以防止火花引起的爆炸。電氣插座應密封，以防止水進入，并避免電路故障影響操作。主電源線應位于墻的中央，中央吸入和氧氣管道裝置應位于墻內。
6、水源及消防設施:每個車間安裝自來水，便于沖洗。應在走廊和輔助房間安裝滅火器，以確保安全。應充分保證冷熱水和高壓蒸汽。
7、照明設施:層流手術室凈化工程中，普通照明燈應安裝在墻壁或屋頂上。操作照明燈應配備母子無影燈，并配備備用的升降照明燈。
8、通風過濾除菌裝置:層流手術室凈化工程應建立完善的通風過濾除菌裝置，凈化空氣。通風模式包括湍流型、層流型和垂直型，可根據需要選擇。
9、手術室進路布局:進路布局設計應符合功能流程和去污分區的要求。設置三條通道，一條為工作人員通道，兩條為傷病員通道，三條為設備包扎等循環供應通道，盡可能做到隔離，避免交叉感染。